Skip to main content

Klasifikasi dan Nomenklatur Virus


Pengelompokan virus pertama kali dilakukan oleh Dr. David Baltimore dimana dia membagi virus menjadi 7 kelas berdasarkan genom dan tipe replikasi yang dilakukan oleh virus.  Klasifikasi ini memfokuskan kepada genom virus dan pembentukan mRNA oleh virus. 7 kelas virus tersebut adalah:

1.       Virus DNA untai ganda

Mekanisme produksi mRNA dan replikasi DNA pada virus ini sama dengan  yang digunakan oleh genom sel inang. Contoh virus yang termasuk kedalam  kelas ini adalah Poxviridae, Iridoviridae, Herpesviridae, Adenoviridae, dan Papillomaviridae.

2.       Virus DNA untai tunggal

Karena virus dari kelas ini mempunyai untai DNA tunggal, sebelum mRNA diproduksi, DNA komplementer harus disintesis terlebih dahulu karena enzim RNA polimerase menggunakan DNA untai ganda sebagai template. Oleh karena itu virus akan membentuk DNA untai ganda intermediet selama proses replikasi dan transkripsi mRNA. Hingga saat ini, diketahui bahwa sebagian besar genom virus DNA untai tunggal mengandung untai positif dimana mempunyai sekuens yang sama dengan mRNA mereka. Namun ada juga virus yang mempunyai untai dengan polaritas negatif contohnya novel virus. Virus yang masuk kedalam kelas ini adalah Circoviridae, Anellovirus, dan Parvoviridae.

3.       Virus RNA untai ganda

Virus dengan genom ini mempunyai problem yang mirip dengan virus RNA untai tunggal negatif meskipun salah satu untai RNA nya memiliki polaritas positif. Oleh karena itu virus memiliki enzim RNA-dependen RNA polimerase yang mengtranskripsi genom RNA menghasilkan mRNA dengan untai positif. Virus yang masuk kedalam kelas ini adalah Reoviridae dan Birnaviridae.

4.       Virus RNA untai tunggal positif

Virus yang mengandung genom RNA dengan untai positif dapat bertindak langsung sebagai mRNA yang menginfeksi sel inang dengan endositosis.  Virus ini mentransfer genomnya langsung ke ribosom dan memulai proses translasi untuk sintesis protein virus. Protein structural terlibat dalam proses perakitan virion sedangkan protein non structural bertindak sebagai enzim untuk replikasi RNA virus. Virus yang masuk kedalam kelas ini adalah Togaviridae, Flaviviridae, Coronaviridae, dan Picornaviridae.

5.       Virus RNA untai tunggal negatif

Virus yang memiliki genom ini harus membawa enzim tersendiri pada virion mereka. Hal ini disebabkan karena RNA yang dimiliki virus mempunyai polaritas negatif sedangkan mRNA harus mempunyai untai positif supaya enzim RNA polimerase dapat bekerja. Enzim virus masuk kedalam sel inang bersamaan dengan untai RNA. RNA komplementer yang beruntai positif di sintesis oleh enzim RNA dependen RNA polimerase sehingga dapat digunakan sebagai mRNA. mRNA juga dapat digunakan sebagai template untuk memproduksi untai RNA negatif sebagai genom virus yang diproduksi.  Virus yang masuk kedalam kelas ini adalah Bornaviridae, Rhabdoviridae, Filoviridae, Paramyxoviridae, dan Deltavirus.

6.       Virus RNA retroid (RNA-DNA-RNA)

Virus dari kelas ini dikenal sebagai Retrovirus. Retrovirus adalah virus hewan yang dapat menyebabkan kanker dan sindrom immunodefisiensi (AIDS). Retrovirus mempunyai genom RNA untai tunggal namun dapat bereplikasi membentuk DNA untai ganda intermediet dengan bantuan enzim reverse transcriptase. Hal ini disebabkan untai RNA pada retrovirus mempunyai RNA dengan polaritas negatif sehingga harus mentranskripsi mRNA dengan polaritas positif.

7.       Virus DNA retroid (DNA-RNA-DNA)

Virus yang masuk kedalam kelas ini adalah Hepadnaviriade dan virus hepatitis B. Virus ini bereplikasi dengan bantuan enzim reverse transcriptase dan membentuk RNA intermediet.

Gambar 1. Klasifikasi Baltimore

Selain itu virus dapat diklasifikasikan berdasarkan ciri morfologi, organisme inang, dan tipe penyakit yang disebabkan.  Komite taksonomi virus internasional (ICTV) yang diresmikan tahun 1966  membuat sebuah peraturan universal untuk system klasifikasi virus. Berdasarkan keputusan resmi yang dikeluarkan pada tahun 2005, terdapat 3 ordo, 73 famili, 9 subfamili, 287 genus, dan lebih dari 5000 virus yang sudah diberi nama.  Untuk peraturan nomenklatur virus, ada beberapa yang perlu diperhatikan.

Untuk famili dituliskan dengan huruf kapital diawal, tulisan dimiringkan dan diakhiri dengan viridae. Contohnya adalah Paramyxoviridae, dan Poxviridae.

Untuk penulisan subfamili diakhiri dengan virinae. Contohnya adalah Paramyxovirinae, Parvovirinae, dan Alphaherpesvirinae.

Untuk penulisan genus diakhiri dengan virus.  Contohnya adalah Parvovirus, Flavivirus, dan Coronavirus.

Untuk nama spesies tidak diawali dengan huruf kapital dan tidak dimiringkan. Contohnya adalah vaccinia virus, human immunodeficiency virus dan influenza A virus.

Dibawah spesies, virus diklasifikasikan berdasarkan strain, tipe, grup, dan varian. Strain adalah jenis isolate berbeda dari spesies virus yang sama.  Contohnya adalah virus influenza yang diisolasi dari berbagai lokasi yang berbeda. Selanjutnya tipe dimana virus yang sama menunjukkan reaktivitas yang berbeda terhadap  sampel serum positif atau perbedaan spesifisitas antigenik. Contohnya Paramyxovirus tipe1-9.  Selanjutnya pembagian grup berdasarkan kemiripan sekuens nukleotida atau origin (nenek moyang) dan terakhir adalah varian dimana pembagian varian berdasarkan perbedaan fenotip dari strain wild type yang asli. 

Sumber:

Madigan et al. 2012.Biology of Microorganisms. San Fransisco : Pearson Education.

Zuckerman AJ. 1996.  Hepatitis Viruses. In: Baron S, editor. Medical Microbiology. 4th edition. Galveston(TX): University of Texas Medical Branch at Galveston. Chapter 70.

https://nptel.ac.in/content/storage2/courses/102103039/download/module3.pdf


Baca juga: Bakteri Gram Positif dan Gram Negatif


Labels:

Comments

Post a Comment

Popular posts from this blog

Mengapa Kita Bisa Lapar dan Kenyang?

gambar 1. Jalur Persinyalan Makan (sumber: dokumentasi pribadi) Aku mau tanya nih, pernah ngga teman-teman merasa lapar ketika ngeliat makanan atau mencium baunya? Atau setelah teman-teman makan makanan tersebut teman-teman tiba-tiba merasa kenyang dan tidak ingin untuk makan lagi. Gimana ya prosesnya didalam tubuh kita. Yuk kita bahas. Didalam tubuh kita terdapat jalur persinyalan yang cukup kompleks supaya kita dapat beraktivitas dalam kehidupan sehari-hari. Bahkan untuk makan saja ada berbagai macam jalur persinyalan yang terjadi. Bagian otak yang berperan dalam kontrol pendek untuk asupan makanan serta kontrol panjang untuk kesetimbangan energi adalah Nukleus Arkuatus Hipotalamus. Nukleus arkuatus merupakan kumpulan neuron berbentuk seperti busur yang terletak dekat ventrikel ketiga. Ventrikal sendiri merupakan ruang di otak sebagai tempat mengalirnya cairan serebrospinal. Terdapat beberapa ruang ventrikel salah satunya adalah ventrikel ketiga. Dinding ventrikel ketig...
Post a Comment
Read more

Bakteri Gram Positif dan Gram Negatif

  Bakteri dapat dibedakan menjadi 2 grup utama yaitu gram positif dan gram negatif. Maksudnya apa sih? Apa yang membedakan keduanya? Salah satu Perbedaannya adalah berdasarkan reaksi gram stain. Gram stain adalah teknik pewarnaan diferensial dimana sel tewarnai dengan warna merah muda (gram negatif) atau ungu(gram positif) tergantung kepada struktur dinding sel mereka. Lantas, kenapa dinding sel bakteri ada yang menjadi warna merah muda dan ungu? Struktur apa yang membedakan mereka. Hal itu disebabkan oleh lapisan peptidoglikan yang terdapat pada dinding sel mereka. Lapisan peptidoglikan adalah lapisan kaku yang memberi kekuatan pada dinding sel yang terdiri dari polisakarida dua gula turunan yaitu N-acetylglucosamine dan N-acetylmuramic acid serta beberapa asam amino seperti L-alanin, D-alanin, D-glutamik, lisin, dan asam diaminopimelik, semua komponen itu dihubungkan oleh ikatan glycan tetrapeptide. Jadi pada bakteri, dinding sel mereka terdiri atas peptidoglikan sedangkan tumb...
Post a Comment
Read more

Ada Mata Bewarna Biru dan Hijau, Kok Bisa?

Warna mata pada manusia ditentukan oleh salah satu jaringan yang terdapat pada mata, yaitu iris yang mengelilingi lubang kecil ditengah mata. Iris berfungsi untuk mengontrol cahaya yang masuk kedalam mata yang difokuskan oleh lensa kepada retina sehingga kita bisa melihat. Iris memiliki dua lapisan yaitu lapisan anterior dan lapisan posterior serta ditengah-tengahnya terdapat stroma. Disetiap lapisan iris terdapat zat pigmen yaitu melanin.  Orang yang bermata coklat memiliki kadar melanin yang banyak pada kedua lapisan iris sehingga ketika cahaya melewati lapisan ini, cahaya sebagian besar diserap oleh melanin. Sedangkan orang yang bermata biru, dilapisan anteriornya sangat sedikit bahkan tidak ada melanin. Hal ini berakibat tidak adanya cahaya yang diserap pada lapisan anterior, dan ketika cahaya melewati stroma, partikel pada stroma akan menghamburkan cahaya biru sehingga mata akan tampak bewarna biru. Sedangkan orang yang bermata hijau mempunyai pigmen kuning pada lapisan anteri...
Post a Comment
Read more