Skip to main content

Perbedaan Southern, Northern, Eastern dan Western Blotting



Blotting adalah teknik dimana asam nukleat berupa DNA dan RNA serta protein ditransfer ke membran tertentu seperti membran nylon atau nitrosellulosa dengan tujuan identifikasi molekul spesifik. Sebelum dilakukan blotting, molekul-molekul dipisahkan melalui elektroforesis. Molekul yang telah ditransfer kepada membran blotting divisualisasikan dengan menggunakan pewarna radioaktif seperti Ethidium bromida, Crystal violet, Safranin and Osmium tetraoxida. 

Blotting dibagi menjadi 4 berdasarkan nama arah mata angin yaitu Southern Blotting, Northern Blotting, Western Blotting, dan Eastern Blotting. Alasan pemberian nama berdasarkan penemu dari teknik blotting pertama kali yaitu Dr. Edwin Southern yang mengembangkan teknik pendeteksi sekuens DNA spesifik ditahun 1975. Teknik yang dikembangkan oleh Dr Edwin berkembang mendeteksi molekul selain DNA. Pemberian nama teknik itu diciptakan berkaitan dengan nama sang penemu pertama. Teknik-teknik itu lalu dikenal dengan nama Northern Blotting untuk mendeteksi RNA (Alwine et al, 1975) Western Blotting untuk mendeteksi protein (W. Neal Burnette, 1981), Eastern Blotting untuk mendeteksi protein modifikasi Post translasi (Bogdanov et al, 1986), serta South- western blotting (deteksi DNA yang terikat pada Protein). Eastern blotting dan South Western blotting lebih dikenal sebagai variasi dari Western Blotting sehingga pada umumnya orang-orang membagi teknik blotting menjadi 3.

Perbedaan dari berbagai teknik blotting dari molekul yang di identifikasi serta dalam proses pengerjaan. Untuk Southern blotting menggunakan preparasi sampel berupa ekstraksi DNA yang telah di potong oleh enzim restriksi dan menggunakan probe asam nukleat yang homolog dengan target. Northern blotting menggunakan sampel RNA dan memakai probe berupa molekul RNA, DNA,  atau oligodeoksinukleotida sedangkan Western blotting menggunakan sampel protein dengan probe antibodi primer. Untuk Northern dan Southern blotting menggunakan membran dengan material nylon dan Western blotting menggunakan membran nitrosellulosa atau PVDF. Jika metode deteksi molekul pada Southern dan Northern Blotting menggunakan sinar X-ray dan chemiluminescence maka Western Blotting mrnggunakan film, cooled CCD, camera, LED, dan sistem imaging infrared.

Southern Blotting biasanya digunakan pada teknik pemetaan RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), analisis filogenetik, dan identifikasi penyusunan gen. Western Blotting diaplikasikan untuk tujuan klinis, mendeteksi protein spesifik  pada kuantitas yang rendah, dan mengukur produk gen. Northern Blotting biasanya untuk tujuan screening, mempelajari ekspresi gen, dan diagnosis penyakit. Sedangkan Eastern Blotting digunakan untuk mengidentifikasi epitop karbohidrat termasuk glikokonkugat dan lipid pada protein yang sudah di modifikasi, studi pengikatan dengan berbagai ligan, dan pemurnian berbagai fosfolipid.


Daftar Pustaka
Nicholas, M.W & Nelson, K.(2013). North, South, or East? Blotting Techniques. Journal of Investigative Dermatology. 133.
Tomar, Manu.(2016). Types of Blotting. Research & Reviews: Journal of Pharmaceutics and Nanotechnology. 4, 147-153.


Labels:

Comments

Post a Comment

Popular posts from this blog

Mengapa Kita Bisa Lapar dan Kenyang?

gambar 1. Jalur Persinyalan Makan (sumber: dokumentasi pribadi) Aku mau tanya nih, pernah ngga teman-teman merasa lapar ketika ngeliat makanan atau mencium baunya? Atau setelah teman-teman makan makanan tersebut teman-teman tiba-tiba merasa kenyang dan tidak ingin untuk makan lagi. Gimana ya prosesnya didalam tubuh kita. Yuk kita bahas. Didalam tubuh kita terdapat jalur persinyalan yang cukup kompleks supaya kita dapat beraktivitas dalam kehidupan sehari-hari. Bahkan untuk makan saja ada berbagai macam jalur persinyalan yang terjadi. Bagian otak yang berperan dalam kontrol pendek untuk asupan makanan serta kontrol panjang untuk kesetimbangan energi adalah Nukleus Arkuatus Hipotalamus. Nukleus arkuatus merupakan kumpulan neuron berbentuk seperti busur yang terletak dekat ventrikel ketiga. Ventrikal sendiri merupakan ruang di otak sebagai tempat mengalirnya cairan serebrospinal. Terdapat beberapa ruang ventrikel salah satunya adalah ventrikel ketiga. Dinding ventrikel ketig...
Post a Comment
Read more

Bakteri Gram Positif dan Gram Negatif

  Bakteri dapat dibedakan menjadi 2 grup utama yaitu gram positif dan gram negatif. Maksudnya apa sih? Apa yang membedakan keduanya? Salah satu Perbedaannya adalah berdasarkan reaksi gram stain. Gram stain adalah teknik pewarnaan diferensial dimana sel tewarnai dengan warna merah muda (gram negatif) atau ungu(gram positif) tergantung kepada struktur dinding sel mereka. Lantas, kenapa dinding sel bakteri ada yang menjadi warna merah muda dan ungu? Struktur apa yang membedakan mereka. Hal itu disebabkan oleh lapisan peptidoglikan yang terdapat pada dinding sel mereka. Lapisan peptidoglikan adalah lapisan kaku yang memberi kekuatan pada dinding sel yang terdiri dari polisakarida dua gula turunan yaitu N-acetylglucosamine dan N-acetylmuramic acid serta beberapa asam amino seperti L-alanin, D-alanin, D-glutamik, lisin, dan asam diaminopimelik, semua komponen itu dihubungkan oleh ikatan glycan tetrapeptide. Jadi pada bakteri, dinding sel mereka terdiri atas peptidoglikan sedangkan tumb...
Post a Comment
Read more

Ada Mata Bewarna Biru dan Hijau, Kok Bisa?

Warna mata pada manusia ditentukan oleh salah satu jaringan yang terdapat pada mata, yaitu iris yang mengelilingi lubang kecil ditengah mata. Iris berfungsi untuk mengontrol cahaya yang masuk kedalam mata yang difokuskan oleh lensa kepada retina sehingga kita bisa melihat. Iris memiliki dua lapisan yaitu lapisan anterior dan lapisan posterior serta ditengah-tengahnya terdapat stroma. Disetiap lapisan iris terdapat zat pigmen yaitu melanin.  Orang yang bermata coklat memiliki kadar melanin yang banyak pada kedua lapisan iris sehingga ketika cahaya melewati lapisan ini, cahaya sebagian besar diserap oleh melanin. Sedangkan orang yang bermata biru, dilapisan anteriornya sangat sedikit bahkan tidak ada melanin. Hal ini berakibat tidak adanya cahaya yang diserap pada lapisan anterior, dan ketika cahaya melewati stroma, partikel pada stroma akan menghamburkan cahaya biru sehingga mata akan tampak bewarna biru. Sedangkan orang yang bermata hijau mempunyai pigmen kuning pada lapisan anteri...
Post a Comment
Read more